Základy dnešní společnosti Lekis s.r.o. položilo sdružení fyzických osob HB system, které vzniklo v Benešově v roce 1993. Jeho cílem byl vývoj a instalace komplexního Lékárenského Informačního Systému, který posléze dostal název Lekis. Poctivou a usilovnou prací na vývoji programu a důkladnou péčí o stále se rozrůstající počet zákazníků se z málo známého lokálního software stal během několika následujících let produkt, nesmazatelně vepsaný do povědomí stále širší části lékárenské veřejnosti.
Rapidně rostoucí zájem o program Lekis a snaha poskytovat jeho uživatelům rovněž kvalitní a rychle dostupný servis, postavily HB system před novou výzvu. Vybudovat stabilní společnost s působností rozšířenou na celé území České Republiky. V roce 1996, po předchozích jednáních s potenciálními partnery, vzniká společnost HB-Vista s.r.o. se sídlem v Ostravě. Postupně buduje síť poboček po celém území ČR. Partnerskou účast v tomto projektu přijaly významné společnosti na poli distribuce léčiv, Pharmos a.s. a Česká lékárnická a.s. Spoluúčast distribučních firem se stala základním pilířem stability nové společnosti, která tak mohla naplno zaměřit své síly k dalšímu rozšíření programu Lekis a jeho dobrého jména mezi lékárníky.
V polovině roku 1997 dochází ve společnosti HB-Vista s.r.o. ke strukturálním změnám, navenek reprezentovaným změnou názvu na Lekis s.r.o. Podstatou zmiňovaných změn bylo nové majetkové uspořádání, kdy původní tvůrci programu získali nadpoloviční podíl ve společnosti. Toto uspořádání umožnilo soustředit veškeré aktivity na vybudování největší české společnosti v oblasti vývoje, zavádění a následné podpory informačních systémů v lékárenství.
Nastoupený trend společnost svou každodenní prací potvrdila a stala se jednou z vedoucích firem v oboru v ČR. Zvlášť důležitým zlomem v tomto období byl přelom let 2000/2001. Díky vypracovaným a do každodenní práce promítnutým standardním postupům při realizaci zakázek dokázala společnost Lekis v hektickém období od listopadu 2000 do března 2001, tedy do zavedení tzv. “kusové evidence” v lékárnách novelou zákona o léčivech, nainstalovat informační systém Lekis 150 novým zákazníkům, včetně odpovídajícího školení a servisní podpory. Společnost tak nejen obhájila, ale ještě posílila své postavení na trhu. Není jistě bez zajímavosti, že některé konkurenční společnosti nedosáhly takového počtu zákazníků ani po několika letech své existence.
Dalším významným mezníkem v historii společnosti Lekis je přelom let 2001/2002. V závěru roku 2001 vrcholí probíhající jednání se společností PVT a.s. o prodeji konkurenčního programu Defis. Na základě uzavřené smlouvy převzala společnost Lekis k 1. lednu 2002 autorská práva a zákazníky programu Defis, historicky prvního lékárenského informačního systému v ČR. Touto akvizicí společnost Lekis završila fázi budování největší společnosti v ČR na poli lékárenských informačních systémů.
Během roku 2006 se na trh začíná dostávat první verze programu Lekis pro Windows jako nástupce úspěšného Lekisu pro DOS, který se stal do té doby nejoblíbenějším lékárenským programem v DOSu v České republice. Během několika let se Lekis pro Windows stal nejkomplexnějším programem pro lékárny v prostředí Windows. V roce 2010 tento program používá již téměř 350 lékáren a nemá na trhu konkurenci.